La Direttiva europea 91/271/CEE (di seguito Direttiva) definisce a livello comunitario come trattare le acque reflue urbane, dettando norme allo scopo di proteggere l'ambiente dagli effetti negativi degli scarichi delle acque reflue urbane. Gli obblighi sono differenziati in base alla dimensione dell’agglomerato, unità territoriale per l’organizzazione del Servizio idrico integrato (SII).

Il mancato recepimento della Direttiva ha portato all'attivazione di diverse procedure d'infrazione comunitaria (PI) nei confronti dello Stato italiano. Regione Lombardia è attualmente coinvolta nelle PI 2009/2034, PI 2014/2059 e PI 2017/2181, per superare le quali effettua attività continue di monitoraggio e supporto, tecnico e finanziario, verso gli Uffici d'Ambito coinvolti e trasmette periodicamente al Ministero dell'Ambiente e della Sicurezza Energetica (MASE) ed alla Commissione Europea report e relazioni di aggiornamento che attestano un progressivo miglioramento della situazione.

PROCEDURA D’INFRAZIONE N. 2009/2034
La PI 2009/2034 prende l’avvio nel 2009. A seguito di ricorso presso la Corte di Giustizia Europea nella Causa C-85/13 la Lombardia viene condannata nel 2018 per due agglomerati non adeguatamente depurati: Calco (ATO Lecco) e Mortara (ATO Pavia). Già nel 2019 i due agglomerati menzionati raggiungono la conformità e la Lombardia non è citata nel ricorso della seconda causa C-515-23.

PROCEDURA D’INFRAZIONE N. 2014/2059
La PI 2014/2059, avviata nel 2014, è progredita nella Causa C-668/19 a seguito di ricorso presso la Corte di Giustizia Europea. A differenza della PI precedente, essa coinvolge sia agglomerati che aree sensibili all’eutrofizzazione per le quali non è rispettato il comma 4 dell’art. 5 della Direttiva che prevede soglie di abbattimento del 75% per il fosforo totale e per l’azoto totale. Con l’emissione della prima sentenza di condanna nella Causa C-668/19 nel 2021 sono stati condannati 58 agglomerati lombardi e 3 aree sensibili che interessano il territorio regionale. L'ultimo aggiornamento inviato al MASE nel luglio 2025 dimostra il raggiungimento della conformità per 38 agglomerati e 2 aree sensibili. 

PROCEDURA D’INFRAZIONE N. 2017/2181
La più recente PI 2017/2181 si apre nel 2017 coinvolgendo 91 agglomerati lombardi. Nel testo del ricorso presso la Corte di Giustizia europea della Causa C-594/24, depositato il 13 settembre 2024, il numero di agglomerati scende a 47, ridotto di un’ulteriore unità col deposito delle controrepliche. L'aggiornamento inviato al MASE nel maggio 2025 attesta il raggiungimento della conformità di altri 24 agglomerati.