I musei in Lombardia sono un fenomeno radicato e diffuso. Presenti nelle città capoluogo, nei territori montani, nelle aree di pianura distanti dal centro, conservano ed espongono raccolte molto variegate: sono musei di arte, storia, archeologia, storia e scienze naturali, scienza e tecnologia, specializzati, di impresa, etnografici, territoriali, case-museo, orti botanici.

Regione Lombardia favorisce il miglioramento della qualità dei servizi offerti dai musei non statali mediante lo strumento del riconoscimento. Il sistema di riconoscimento regionale, mediante l’accertamento della presenza di requisiti minimi e specifici standard qualitativi, incrementa nei musei la consapevolezza e la comprensione del loro ruolo e ne accresce la credibilità nei confronti degli organi di governo e del pubblico in generale.

A novembre 2025 i musei non statali riconosciuti in tutta la Lombardia sono 214.

Da maggio 2015, Regione Lombardia ha inoltre dato vita all'Abbonamento Musei Lombardia, una tessera che consente l’ingresso libero e illimitato per 365 giorni dalla data di emissione a più di 180 musei del territorio.