Il Contratto di Programma è lo strumento di attuazione della Concessione nel quale sono individuati gli interventi per il potenziamento e lo sviluppo della rete in coerenza con la programmazione regionale dei servizi ferroviari e in cui sono regolate le modalità e le procedure per la relativa gestione tecnica e finanziaria.
Definisce quindi gli investimenti e i tempi di realizzazione per interventi di rinnovo, ampliamento e ammodernamento della ferrovia e dei suoi impianti tecnologici.
Gli obiettivi da conseguire sono: il miglioramento della qualità dei servizi in termini di sicurezza e regolarità dell’esercizio del servizio ferroviario, lo sviluppo dell'infrastruttura, il raggiungimento di elevati livelli di sicurezza e affidabilità della rete ferroviaria, la riqualificazione delle stazioni e delle aree di interscambio modale.
Il Contratto di Programma, sottoscritto con Ferrovienord (schema approvato con d.g.r. n. 5476 del 24 luglio 2016), prevede, ad oggi, 1.392,1 milioni di euro per nuovi investimenti e 170,7 milioni di euro per interventi di manutenzione straordinaria.
Con la d.g.r. n. 1098 del 09/10/2023, anche a fronte delle necessità riscontrate a seguito dell’incremento dei costi dei materiali per la realizzazione degli interventi previsti dal Contratto di Programma e viste le risorse a disposizione, si provveduto ad aggiornare l’assegnazione di alcuni finanziamenti al fine di consentire la copertura economica di interventi prioritari in fase di progettazione avanzata. Contestualmente si è provveduto all’incremento delle risorse a disposizione degli interventi di adeguamento linea Brescia-Iseo-Edolo e infrastrutturazione connessa alla circolazione dei treni a idrogeno, per un importo pari a € 97.206.466,40, a seguito dell’assegnazione di tali risorse a Regione Lombardia nell’ambito del PNRR.