La costruzione dei Conti Pubblici Territoriali è stata avviata nel 1994 con lo scopo di disporre di uno strumento in grado di garantire una misurazione dei flussi finanziari con articolazione territoriale.

I Conti Pubblici Territoriali fanno parte del Sistema Statistico Nazionale (SISTAN) a partire dal Programma Statistico Nazionale 2005-2007 (PSN) e rientrano tra le rilevazioni per le quali sussiste l'obbligo dei soggetti privati di fornire i dati e le notizie che siano loro richiesti.

Per dettagli relativi al PSN 2007-2009 è possibile consultare la Gazzetta Ufficiale n. 265 del 14 novembre 2007 con DPR di approvazione dell'elenco delle rilevazioni statistiche con obbligo di risposta ai sensi dell'art. 7 del d. lgs. n. 322 del 1989; per il PSN 2011-2013, invece, la Gazzetta Ufficiale n. 138 del 14 giugno 2013.

È possibile ripercorrere alcuni momenti salienti che consentono di seguire l'evoluzione normativa ed organizzativa dei CPT.
 
1994 - 1996
L'Osservatorio delle Politiche Regionali, nell'ambito delle proprie competenze istituzionali contenute nell'art. 4 del D.L. 96/1993 e recepite dalla delibera CIPE 19.10.93, appronta un apposito progetto, finalizzato sia ad ottemperare all'obbligo previsto dai Regolamenti comunitari, sia a dotarsi di uno strumento per la misurazione ed il monitoraggio degli effetti territoriali delle politiche di spesa.
Con propria Delibera n. 8 del 22 luglio 1994 approva e finanzia il progetto "Conti Pubblici Territoriali" (CPT).
Il progetto viene fatto proprio dalla Cabina di Regia Nazionale del Ministero dell'Economia e delle Finanze e vengono costituiti i 21 Nuclei regionali CPT con delibera del Presidente di ciascuna Regione e Provincia autonoma.
La prima fase del progetto CPT è dedicata alla sperimentazione delle metodologie ed alla omogeneizzazione delle basi informative con l'obiettivo finale di fare del progetto un'attività continuativa in grado di realizzare strutturalmente gli obiettivi menzionati.

1997-2000
Si estende l'originaria finalità del progetto e CPT comincia a diventare uno strumento per l'analisi delle politiche pubbliche con molteplici obiettivi:

• fornire elementi per valutare se e in quale misura le spese realizzate con i Fondi aggiuntivi, comunitari (Fondi Strutturali e loro cofinanziamento nazionale) e nazionali (Fondi per le aree sottoutilizzate), siano effettivamente "addizionali" rispetto alle spese ordinarie;
• misurare e analizzare l'allocazione della spesa pubblica fra Mezzogiorno e Centro-Nord e fra singole Regioni; 
• misurare e analizzare la composizione della spesa in conto capitale fra investimenti pubblici e trasferimenti; 
• misurare e analizzare la composizione settoriale della spesa in conto capitale per investimenti e fornire una base di riferimento per l'analisi di efficacia di tali spese.
   

Nel 1998 il progetto passa al Dipartimento per le Politiche di Sviluppo e Coesione (DPS). 
Nel 2000 viene pubblicata una prima versione della Guida metodologica che descrive fonti, criteri e metodi per la regionalizzazione dei flussi finanziari di entrata e spesa.

2001-2005
Viene istituito, dal Ministero dell'Economia e delle Finanze, un fondo di premialità rivolto alla Rete dei Nuclei CPT con l'obiettivo di potenziare la struttura organizzativa e metodologica del progetto e di incentivare le Amministrazioni Regionali a garantire, con tempestività, flussi informativi rispondenti a specifici standard di qualità.

Migliora l'accessibilità della Banca Dati: iI risultati dei CPT sono scaricabili direttamente in formato elaborabile secondo una molteplicità di chiavi di accesso.

Vengono organizzati, a livello centrale e regionale, numerosi convegni per diffondere e approfondire dati e metodi dei Conti Pubblici Territoriali.
Il Dipartimento per le Politiche di Sviluppo promuove una Stagione di Studi rivolta a circa 20 studiosi e ricercatori per ricerche che, partendo dai dati CPT, rispondano a diversi quesiti di approfondimento.

I Conti Pubblici Territoriali, a partire dal programma Statistico Nazionale 2005-2007, sono un prodotto del Sistema Statistico Nazionale (SISTAN), la rete di soggetti pubblici e privati italiani che fornisce l'informazione statistica ufficiale.

2006-2009
Vengono pubblicati, a conclusione della seconda fase di revisione dei CPT i dati relativi ad un allargamento dell'universo di riferimento.
Nel giugno 2007 viene aggiornata la Guida Metodologica CPT.

Nel 2008, oltre alla tradizionale modalità per l'interrogazione dei dati CPT (interrogazione statica di tavole predefinite), è stata resa disponibile una nuova modalità dinamica di consultazione per la creazione diretta da parte dell'utente di aggregati parziali o sottoinsiemi personalizzabili delle tavole predefinite. 

Viene avviata una prima raccolta di analisi territoriali dal titolo "L'Italia misurata con i Conti Pubblici Territoriali - I flussi finanziari pubblici nelle regioni italiane".

Si tratta della realizzazione di monografie relative a singole Regioni, a cura dal Nucleo della Regione interessata e coordinate dall'Unità Tecnica Centrale. 

Ciascuna monografia regionale viene presentata sul proprio territorio in un ciclo di convegni tra maggio e ottobre 2008.

2010 – 2014
Sono effettuati degli approfondimenti monografici riguardanti il Sistema Idrico Integrato ed il Ciclo dei Rifiuti Urbani nonché il settore Cultura e Servizi Ricreativi.

È avviato un processo di revisione metodologica al fine di contemperare l’evoluzione normativa in tema di armonizzazione dei sistemi contabili e degli schemi contabili degli enti territoriali e dei loro organismi nonché le modifiche al Sistema Europeo dei Conti (SEC).
 

Viene effettuata una revisione dell’Universo a seguito dell’integrazione con altre banche dati disponibili.